九月二十五日，赣西义军在各路清军的逼迫下转向东北方向渡过长江，一路攻陷黄梅、宿松闯入安徽境内，安徽绿营多被抽调，一时无力阻挡义军前进，义军得以遁入大别山区。

不过正是由于熊心最终选择进军大别山区，导致了赣西义军的大分裂。一部分不愿远离家乡的义军随后夺路南下，经英山、黄州等地折返阳新，而另一支不愿意苟安的义军则继续北进经霍山、六安、庐州闯入淮上，至于在大别山中继续打着“朱三太子”旗号的义军主力也随后转入豫鄂皖三省交界处。

有人说流寇是明朝覆亡的根本原因之一，这种说法其实是有几分道理的，因为义军也好、反贼也罢，他们原本是农民、小手工业者，如今脱离了土地和产业，本身就不事生产，不但不事生产而且破坏所经过地区的生产，更为可怕的自古都是贼过如梳兵过如洗，杀红眼的官兵会比义军流寇更大的破坏该地区的生产生活，而且官兵是要拿饷的，饷从何来？自然是转嫁到其他没有战乱的地区，以至于全国其他地区的百姓生活也遭到拖累。

如今清廷也遇到了明季时一样的麻烦，自是不敢怠慢，为此清廷再度明发上谕调动援赣的湘省、粤省绿营协助赣省绿营继续堵防追剿南返义军，与此同时调动闽省绿营转入衢州应对郑军攻势，再将原本南下的寿春镇调回原防协调皖南镇、归德镇镇压北上淮泗的义军，至于龟缩在大别山区的义军主力则调用豫省绿营南阳镇及湖北绿营加以围歼，并且为了豫省空虚，又掉狭西绿营利桥营、宜君营、芦塘营、化平营、安定营，隆德营，西凤营，邠州营，长武营，庆阳营，泾州营等部开往洛西听用。

正当清廷自以为万无一失之际，广东的汉留组织策动添弟会、乾坤会、白鹤教等反清团体在粤北、湘南、湘西南及桂东起事，再加上其他反清团体的响应，迅速在上述地区掀起狂潮，在短短二十余天内，三省近二十州、县相继落到了义军一方。

十一月十九日，湘粤桂义军代表在三省交界的连州聚会，推荐桂东大豪杜煜天（书友蹲墙角的花推荐）为督师，不过由于各方的利益无法调和，因此义军最终无法合力行动，各部自行其是，虽然给清军造成了更多的混乱，但势单力薄的义军无力与清军大队抵抗，只能继续流窜并为各地团练所困??????

在全国的反清斗争再度高涨的时候，利用清军顿兵钱塘江和宁海一线的机会，郑军迅速扩大兵力并转移人口，截止到十一月二十日，浙东郑军的总兵力已经扩大到原来的两倍，更有超过一万五千户的百姓被迁移到舟山各岛，其中将有一半以上迁至台湾，其余的则将留置大衢山、岱山诸岛，在重新分配土地之后这些屯民将为大衢山都督府就近提供军粮等物资，以便将来为东宁减轻运输压力??????

不过由于战乱以及郑军的大规模迁移人口造成的动荡，绍兴和宁波两地的秋粮收获并不足以支撑四万郑军的长期作战，再加上东宁的粮食储备也出猛降的趋势，因此郑军被迫发起攻打杭州的作战。然而各地来援的清军齐聚杭州城中，郑军猛攻三天未能突破城防，在此情况下，洪拱柱当机立断撤过钱江，仅以舟山分舰队及小股陆师分别监控杭州、衢州、嵊县方面之敌，主力急速东撤，并在宁波地区略作休整后，南下攻打台州。

清军集中黄岩、海门、温州三镇死守宁海、福建绿营福宁镇、建宁镇所部五千余人急速开赴浙南助战，结果郑军固然攻克了宁海，但清军依旧退往台州府城临海死守，洪拱柱关于一战解决浙南战事的设想并未获得成功。

此时已经连续奋战了多月的郑军老兵中开始出现了思归的情绪，再加上郑克臧担心洪拱柱长期掌握大军会产生某种不利的局面，于是在得知闽省清军汀州镇出现在衢州之后，郑克臧遂在十一月二十八日下令郑军开始撤出大陆。

当然郑军的撤退是瞒不过清军的耳目的，不过由于大山的阻隔，南线清军获悉的情报并不容易传达到北线清军手中，而两路入浙的闽省清军也不能判断郑军的撤出是否是圈套，在稳妥起见的情况下，清军坐视郑军撤离，直到十二月初七，北路清军在接报后绕道自富阳越过富春江后，三路清军才一起缓缓向绍兴、宁波进犯。

十二月初九，吴淑率左武卫师、左勇卫师、海龙骧师第四团等部先遣部队抵达昌国岛，同日，洪拱柱率左虎卫师一部乘坐水师炮船返回东宁。

十二月十一日，继占领东阳、义乌、浦江之后，清军又先后占领萧山、诸暨两县并抵达空无一人的绍兴城，不过由于传来郑军在松南沿海出没的消息后，随时准备回援的北线清军一时不敢轻举妄动，只能等候汀州镇的到来，而发现台州危机解除的福宁、建宁两镇也为了防止郑军可能在福建沿海的动作先行回撤了，由此，郑军又得以保留余姚、慈溪、鄞县、奉化及宁波府城一段不短的时间。

十二月二十五日，与汀州镇会师的浙北清军向杭州调回一部分兵力以确保郑军不会重新在浙北苏南登陆后主力继续向东进军，在年前收复了余姚、慈溪两城，但新年既至，清军高层也不能威逼部伍前进，于是康熙二十九年就此画上了休止符号。