但商毅从小所受的教育，和他长大以后形成的人生观都决定了，他不可能釆用全杀光战俘的这种极端手段。如果是对满淸军，或许他还能下得了这个狠心，但农民军和满淸毕竟不同，他们中间的绝大多数都是因为活不下去了，才走上了造反的道路，把他们推上这一步的，是这个社会，这个大明朝廷。

同时商毅还有一个打算，就是想从俘虏中招集一部份补充到商家军的队伍中来，扩大兵源。这种做法在历史上经常可见，汉光武帝刘绣就曾招降过赤眉军，而唐太宗李世民也招收过瓦岗军。因此商毅宁可走一条路更为艰难的道路，那就是强制改造。

强制改造首先就要对俘虏们有震慑力，同时也不是对所有人都效，有一部人过去本身就是无业游民、地痞无赖，甚致是兵痞出身，怎样改造也是改造不好了。

因此商毅首先下令，对受伤的俘虏进行治疗，这也是对俘虏们作出一个姿态，表示商家军不会杀光他们，否则也就没有必要给他们治疗了。

而接下来，就是要把俘虏中的各级军官都找出来，因为能在闯军中出任军官的，基本就是造反心最彻底的一批人，而且他们在俘虏中还有一定的号招力，也是最不稳定的因素，因此必须把他们除掉，不仅是淸除不安定因素,而且也是杀一敬百。而找出军官的办法到也简单，就是让俘虏们互相揭发举报。而且举报者有奖，不仅可以单独关押，不用怕被别人报复，同时将每餐的伙食也从三两饭提升到四两饭。

事实证明，中国人的窝里斗绝对是有历史传统的。这个命令一经颁布，在第一天就有五个俘虏进行了举报，一共举报出七名军官，有一个俘虏就举报了三个人。其中居然还有一个右英武将军，混在俘虏里有几天了，可是一条不小的鱼。

而就在当天，这五个人就被提走，另行关押，但吃饭还是在一起，而其他俘虏也都能看见，这五个人碗里的饭明显比自己的要多。由其是那个举报了三人的俘虏，商毅当看众俘虏的面，将一大块三四两重的肉放在他的碗里。作为特殊奖励。虽然只是一块马肉，但对连续几天都只能吃个半饱的俘虏来说，却丝毫也不亚于一份美食，那名俘虏也吃得津津有味。也看得其他人馋涎欲滴。

有了这五个人的例子，举报活动一下子就变得涌跃了起来，第二天居然有二十七人检举，一共举报出四十二个大小将领，有一个俘虏举报最多，一个人举报了六个。还有两个本身就是头目，居然也跳出来举报别人，结果自己反而被其他人给举报了出来。而被举报出来的闯军将领也知道自已怕是凶多吉少了，因此也不能便宜别人，把一些还没被举报出来的将领也给揪了出来。结果只用了三天的功夫，就举报出了六十三名大小将领。

就在第四天，商毅下令，将这六十三名大小将领，当着所有俘虏的面，全都斩首。也给这些俘虏一个巨大的震慑力。

随后，商毅向俘虏公布了俘虏的纪律，大原则有四条：一是绝对服从命令，不许有任何违抗；二是不许逃跑，老老实实接受劳动改造；三是禁止俘虏之间互相打斗。四是如果在改造期间，表现良好，可以得到一定的奖励，甚致有可能被释放，并分给田地耕种。而其他细则，一共有十三条。

具体的办法是积分制，每个俘虏毎天参加固定的劳动工作，都会得到五分的积分，但饭食都将在积分中扣除，一餐要扣除一分，当然如果想吃肉、喝酒，也能用积分来换取，包括一些生活用品，毛巾、杯子、碗、衣服，床被也都能用积分来换取。如果是商家军安排不用参加劳动工作，毎天也可以获得两分的积分。但如果是因为自己生病，或其他事情请假未能参加劳动，将没有积分，一但积分被扣光了，那就没有饭吃，只能饿死。

另外如果违返规定的纪律，相应都会扣除不等的积分。而如果俘虏有特殊表现，也会获得额外的积分做为奖励。比如这次检举军官，毎举报了一名，就可以获得十分的奖励，那名一口气举报了六名军官的俘虏也就一下子获得了六十分的奖励。同时将俘虏的积分分为五个档次，每个档次都能享受一些不同的优惠侍遇，并且在以后的编组分队，将由积分靠前的人出任组长队长。

而最后一点，也重要的一点就是，如果有人积满了三千分，就可以获得释放，并发给十亩田地耕种。