六月十日，商家军的运输船队到达登州，周少桓接受了物资之后，也立刻组织人马，执征商毅的命令，进驻青州、莱州，并且率先对进驻山东的淸军发动攻击。但就在这时候，穆陵关独立团的团长童大勇发来消息，青州城己被清朝的官员占领了。

原来淸军进驻北京之后，首先击败大顺军人马，巩固了北京的周边地区，随后多尔衮也招集官员，商议下一步的进军计划，清都察院参政祖可法、张存仁两人首先向多尔衮进言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”

多尔衮也同意两人的意见，首先收取山东山西之地，于是一面派兵继续追击大顺军，又于五月二十五日，派明降臣方大猷为监军副使，招抚山东。六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义，招抚山东、河南。

这时山东地区的局势十分混乱，各方势力交织在一起，错综复杂。一度在山东地区闹得风声水响的济王朱帅在名议上虽然占据了山东、北直隶、河北的大部份地区，但实际上也是一盘散砂，朱帅只不过是山东德州的乡绅众人推出一个傀儡，本身并没多少号招力，而拥立朱帅的赵继鼎、程先贞、谢陛等人也都不是什么大将之材，虽然赶走了大顺军的官员，也派人去和南明联络，但即不知道应该安抚百姓，稳定地方，也不知道要整兵备战，准备迎战淸军，结果只是得过且过。至于张大雅、张千出、韩继本、单之赏、张宇等人，则完全就是趁乱起事，混水摸鱼。

朱帅起事之后，也曾派人来招抚过周少桓，但被周少桓以自己已奉南明之诏守卫登州为理由，不能奉诏给搪塞了过去。同时还劝朱帅到登州来聚议，但朱帅等人却怕到了登州之后受制于周少桓，因此也沒有回答，就守在济南府。而这时多尔衮派出的山东巡抚方大猷也率军开始进入山东地区。

其实这时方大猷手下只有一千多人马，而且全是由在北京投降满清的明军组成，根本就是一帮散兵游勇，没有多少战斗力，而且方大猷是文官出身，不通武事，如果这时朱帅能够团结山东、北直隶、河北等地聚众的乡绅官宦，齐心协力、共同抗敌，方大猷根本就进不了山东。

但明朝遗留下来的这一干乡绅也只是一群乌合之众，而且朱帅在济南府里整天也只顾着花天酒地，完全就是当一天和尚撞一天钟，结果是乌合之众对散兵游勇。

但散兵游勇毕竟挂着清军的头街，虽然是山寨版的淸军，但把头发剃了之后，扎个小辮子还是很有些吓人的，因此各地的乡绅官员一听清军来了，顿时都吓破了胆，几乎是望风而降。因此方大猷一路顺风，几乎是兵不血刃，就先后平定了山东、北直隶边界一带的霸州、沧州、德州、临清等地。并且又派归降自己的德州知州张有芳，到济南府去招降朱帅等人。

朱帅等一干明朝的官宦乡绅虽然不愿归附清朝。但手下都是些乌合之众，那里挡得住清兵的进攻，同时劝降的张有芳又极力夸大淸军的兵力和实力，使尽了浑身解术，威迫利诱，朱帅等人毕竟都是难成大器之辈，只好解散部众，拜表归顺满清。方大猷也十分顺利的进驻了济南府。

随后明权德府事泰安王朱由率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺。明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附。济宁知州朱光和当地乡绅潘士良、任孔当等人也归附清廷，因此在名议上归属于清廷管辖的地区，也在迅速的扩大。而这时多尔衮派来的另一位明朝降官，户部、工部侍郎王鳌永，也到达了济南府。

王鳌永见方大猷人马一到，山东各地纷纷归附，一下子就抚平了不少地方，立下了许多功劳，也不禁十分眼红，正好这时由于归降清廷的地方实在太多，方大猷一时竟派不出官员去管理地方，因此也就暂时停驻在济南府。因此王鳌永立刻自告奋勇，率领着自己带来的人马，进入青州府，并派人去招抚青州府的官员归降。

青州府的知府肖文军本是曾化龙的门生，和商家军也有些交情，得知清军杀到之后，来不及向商家军求救，因此也不敢在府城中停留，立刻弃城而逃，投到了穆陵关来。而王鳌永带领人马来到青州城下之后，城中的通判李懋学、推官彭钦等官员也都开城归附。