原来朱聿键一行离开福州以后，沿海边北进，赶往福宁州。这时清军的兵锋己经到达离福州不足四十里的竹琦镇。但甴于郑芝龙将所有军队几乎全都带来，因此朱聿键等一行对清军实际已经接近了自己，还一点都没有查觉到。

而这时朱聿键身边只有郑成功留给他的不到五百名士兵保护，而在这样的情况下，朱聿键还带了大批书籍和宗室、內待、宫人、随驾官员一起出发，根本没有轻装前进。结果一行人走得极慢，走了一天才到达罗源县，连福州府境內都没有走出去。

就在朱聿键刚离开福州不到两个时辰，觉罗巴哈納就率军攻入了福州，从投降的官员那里得知朱聿键己经北逃，准备进入浙江去投奔商毅。觉罗巴哈纳当然不知道，商毅根本就没打算接纳朱聿键，再他看来，现在商毅本来就己经很难对付了，如果让朱聿键逃进浙江，让商毅获得了拥立皇帝的正统名议，说不定就能以此号招整个南方，共同来抵抗清军。因此说什么也不能让朱聿键进入浙江。

于是觉罗巴哈纳也连夜派人飞报驻守在邵武府的尚可喜，让他立刻出兵攻占建宁、政和等地，封锁住从福建通向浙江的各条道路。而自已也带领着人马，从福州出击，追击朱聿键一行。

而朱聿键尚不知大难就在眼前，当夜就在罗源县休息，因为随行携带的东西太多，因此朱聿键在晚上招见罗源知县吴德操，让他招集民役千名，马驴牲口二百匹听用。但这时罗源县的百姓听说清军杀到福州府，早就吓待四处逃窜，谁还愿意给朱聿键当民役，而马驴牲口更是一匹都找不着，结果到了第二天，吴徳操也只能两手空空来见朱聿键交差。

朱聿键自然不高兴，正要申诉吴徳操几句，就在这旪，随行的忠诚伯周之藩来报，清军己经追来了，离罗源县已不足十里。朱聿键闻迅之后，也不由大惊失色，也顾不得再责备吴徳操，赶忙带着曾皇后、沈嫔、陈嫔，在大学士何吾驺、忠诚伯周之藩、给事中熊伟、锦衣卫陆昆亨等人的保护下，出城向北狂奔。其他的随行官员、士兵、内待等等也都作鸟兽散了。

何吾驺十分滑头，估计跟着朱聿键一起没有好结果了，因此假装坠马垂死，然后在山林里躲了几天，从小道逃脫，返回自己的原籍广东。而朱聿键一行慌不驿路，逃进了霍童山里，结果朦头转向，分不出方向来。

而在一天之后，觉罗巴哈纳率领大军赶到，分兵搜山，在一处山凹中发现了朱聿键一行，结果朱聿键、曾皇后、沈嫔、陈嫔都被清军抓获，周之藩、熊伟力战而亡，只有陆昆亨杀出了重围，侥幸逃脫。

虽然这时郑成功终于在泉州府一带招集到一批人马，并且找到十几艘大船，沿着闽江溯江而上，想到解救朱聿键，可惜遭遇到清军的大军，被一战击败，只好退回到安平城。

觉罗巴哈纳带着抓住朱聿键一行返回福州时，勒克徳浑、洪承畴也都到达福州，同时在福建被抓的明朝宗氏还有阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简等人，在几天以后，都被勒克徳浑下令，就在福州一同处斩。

南明的隆武朝廷，也被清军灭亡。

随后清军乘机进军，又连续占领福宁州、汀州府、兴化州、漳州府等地，整个福建省只剩泉州府一地还未被清军占领了。

福建省虽然不能和浙江、广东这些地方相比，也算是中国比较畗裕的地区，由其是福州，也是中国古代主要的对外贸易港口之一，加上郑芝龙在这里经营了多年，因此云集了不少商人，富豪之家。而且这时朱聿键也已被抓，郑芝龙又有投降之意，整个福建也算是大局己定，于是勒克德浑也下令在福建搜刮财物、粮食、物资供南京所用。

于是清军立刻在福建省境内烧杀抢掠，无恶不做，无所不为，一开始还是在州府县城里面，但很快就发展到镇乡村落之中，只要是稍反抗，动辄就将全村、全乡的人都杀光。不少地方都被清军屠杀殆尽了。

在短短几天的时间里，清军也立刻掠夺到了巨额的财富。虽然洪承畴也知道，这样的掠夺方式无异于饮鸩止渴，但一来这是清军的传统，二来南京的财政确实十分紧张，就连北京都盯着南方，因此也就默然不语。

而就在这时，郑芝龙写信给洪承畴，大台老少牢骚，认为自己将军队都撤出险要，让清军得以顺利进军福建、并擒杀了朱聿键，己经表现出了足够的诚意，而清军现在还对自己步步紧逼，做得实在太过份了。