周世奇，王夫之、李岩三人成为商毅的内阁成员，并不奇怪，因为这三个人很早就付责整个行政部的工作，只有李格非是被格提拔起来的。而且在此之前，李格非付责的是商业运行，对外贸易来往，以及对外事务等工作，在中国传统的政治格局中，这些都不是主流的事务。

但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大团体，在另一大团体周家已经出任內阁首辅的情况下，林家在内阁中理当占有一席之地。而且南京政府和过去的其他朝廷不同，十分重视商业营运和对外贸易，这两块的收入占总财政收入的七成左右，因此过去李格非的工作，实际也是相当重要的。这次进入内阁，也表示商毅坚持发展商业，对外贸易，以及走向海外的态度。

由內阁成员兼任六部尚书，也是明朝常的惯例，以前商毅在行政部下，设立了十一个司，实际是将六部的职能和权利分散，因为商毅的政府和过去的历代朝廷所走的道路并不一样，还按照原先的六部划份，显然是己经不能满足管理的需要，必须分得更为细致，因此这十一司实际取代了过去六部的位置,同时还会增设一些新部门。

而內阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，新设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易交流部。而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由**部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任**部的部长。

不过**部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，**部仍然是最高机构，就连內阁也必须服从**部的决议。但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态。

唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责。因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政府还不可能成立议会，但这也是将司法部门从行政部门独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备。

刑部以下,设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序。刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大。毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候。因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东糸的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力。

这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部。各部的部长依然由原来的长官出任。这样一来，南京政府实际有十八个部门，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个。

中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变。其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职。而各官员的品级，还是沿用明朝旧制。同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右。

明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政府官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多。毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些。

不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限。治理贪污其实是一个世界性的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是沒有用的。商毅集团目前来说，在这方面作得还不错，正是得益于完善的财政制度和监督体糸。

另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候。因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部门、官员。