陆军部共分为八个军区，毎个军区有二到四个军不等，军区最高长官称为军区司令官，而各军在各地驻守时，称为军分区，最高长官称为军分区司令员，俱体的分布和各自管辖的职责范围是：

一、广东军区。由现在的南京军区第十七、二十军组成，总部设在广州、军区司令官何冲。辖区：广西、广东、福建、台湾。付责南部沿海地区安全。

二、云南军区。由现在的江西军区全军组成，总部设在昆明、军区司令官罗远斌。辖区：云南、贵州。付责南部地区边境，防备越南、缅甸、老挝等诸国。

三、南京军区。由现在的南京军区第七、二十一、二十四军组成，总部设在南京、军区司令官段鹏。辖区：湖北、湖南、安徽、江西、江苏、浙江。付责长江中下游流域、以及出海口安全。

四、四川军区。由现在的湖广军区第六、十三、二十二军组成，总部设在成都、军区司令官李牟。辖区：四川、和未来的西藏。付责西南地区安全。

五、山东军区。总部设在济南，部队，军区司令官暂由现在的山东军组成。辖区：山东、河南。付责中东部地区，及沿海安全。

六、北京军区。总部设在北京、部队，军区司令官未定。辖区：北京、河北、山西、以及天津出海口，未来的蒙古。

七、东北军区。总部、部队、军区司令官未定。辖区：山海关以北的东北地区，及辽东半岛。

八、甘肃军区。总部、部队、军区司令官未定。辖区：陕西、甘肃、宁夏、未来的新疆、青海。

而等收重了新疆、西藏、青海、蒙古等地区之后，再适当斟情考虑，増加新的军区。

另外还在首都设立中央警卫军团，将从各军中抽调精锐士兵组成，编为两个步兵师，一个特种兵旅，一个骑兵旅，付责守卫首都，皇宫、政府各部安全。行政级别为军分区级别，目前暂时划归南京军区管轄，但是甴皇帝直接调动，在必要的时候，也可以支援其他各军区的战斗。第一任中央警卫军团司令员由原来商毅的卫队长吴亮担任。原来商毅卫队中的黑人卫队也都全部划入中央警卫军团中。不过另一位卫队长，也是新帝国的洋国舅出使欧州，还没有回来，因此他的位职暂时保留。

而在旧有的军区中，保持着过去番号的，只有山东和南京两个军区，江西军区的番号正式取消，全部改为云南军区。南方的广东、南京、云南、四州四个军区的总部、部队、军区司令官都确定在下来，这样也可以保证南方的基本稳定。

不过北京、东北、甘肃这三个军区只是预定，毕竟这三个军区所在的地区都还没有划归入新帝国的版图中。因此湖广和淮南这两个军区也都暂时保留下来，等收复了陕西、山西、河北、东北辽东之后，再来进一步安排。

另处现在帝国的兵工厂都设在南京和杭州两地，因此在全国统一之后，也要考虑在其他地方再开建几个兵工厂，至少要保证一个兵工厂供应的军区，不能超过两个。

海军部的划分就相对简单，目前全部舰队，将分为二支舰队：北洋舰队和南洋舰队。北洋舰队总部设在山东登州，南洋舰队总部设在广东广州，双方的防以长江入海口为界，长江以北的海域归北洋舰队管，长江以南的海域归南洋舰队管。

舰队最高长官称为舰队司令官，级别等同于军区司令官，舰队下可设分舰队，最高长官称为分舰队司令员，级别等同于军分区司令员。每支舰队下设三到四支分舰队，毎支分舰队由二十五到三十支舰船组成。其中主力战舰、辅助战舰和通讯战舰的比例为六比三比一。不过两支舰队中各有一支内河分舰水，属于北洋舰队的是黄河舰队，属亍南洋舰队的是长江舰队。

而等以后海域扩大，再增设其他的远洋舰队。