可以说大运河提供了非常坚实的物质基础，对于北宋王朝的发展繁荣有着非常重要的意义。可是到了北宋后期，爱好艺术的宋徽宗硬让人从江南搜集大量奇花异石，利用大运河运回开封，甚至影响了运河粮食物资的正常运输，以蔡京为首的一帮奸臣也为了自己的私欲，胡作非为，破坏了河运的正常制度，结果导致朝廷的财政出现严重的危机。等到宋徽宗的儿子宋钦宗将河运的秩序恢复过来的时候，为时已晚，金国的大军已经直逼城下，北宋灭亡了。

在一片混乱的大逃亡中，宋高宗赵构在临安（现今的杭州）建立了南宋。为什么把都城建在杭州？因为杭州是运河的另一个集散中心。于是北宋时通过运河向北运往开封的江淮米粮，现在调转方向，都运到了大运河的最南端杭州。运河仍然是只剩下半壁江山的赵宋王朝的经济基础，源源不断即将各地上供的财富运往临安。

占领了半个中国的金国人也没有忘记利用掌握在手中的半条运河，他们学着宋人的样，把淮北的粮食运回了北京。于是好端端的一条大运河被南北对立的两个王朝拦腰截为两段，虽然仍然被视为不可或缺的经济命脉，但是已经失去了沟通南北的作用，再也不能将全国的经济中心与政治、军事中心紧密联结。所以，无论是金国还是南宋都无力抵御蒙古骑兵的猛烈冲击，相继陷入崩溃灭亡的命运。元朝统一中国之后，断裂的大运河被重新缝合起来。

元朝对大运河做了一次大手术，将隋朝开掘的运河航线拉直，航程缩短，全面开通了京杭大运河的航路，把海河、黄河、淮河、长江、钱塘江这五条大河连接起来，空前有力地发挥了沟通南北经济的作用，南方的粮食通过运河源源不断地运到北方大都。这就是大运河历史上的第三次大规模的开凿。

元朝的统治者们太倚仗大运河的输血功能了，然而他们万万没想到的是，运河竟然成了自己的命门。元末，黄河泛滥成灾，洪水退去之后，厚厚的淤泥造成了大运河堵塞。这就如同动脉出现了血栓，朝廷慌了手脚，征调大量民工疏浚河道，没想到劳工们却掀起了起义的风暴。江淮地区陷入战乱，出现了各支农民起义军和元朝军阀割据的局面，运送粮食的运河被切断。元王朝没了粮食，再也没有力量去镇压农民起义，最后终于覆灭了。

明、清两朝，相继建都北京。虽然长江、珠江和黑龙江等大河及其支流的航运有所发展，但大运河仍然是我国南北交通的主要通道，大批的粮食和货物主要是通过大运河运往京城。当时，运河里船只往来如梭，运输粮食的船最多的时候曾经达到12000多只，船工最多时超过12万人。除了粮船以外，航行在运河上的还有许多官船、商船和民船。南方生产的丝绸、茶叶、瓷器和北方生产的豆、麦、梨、枣等土特产，都通过大运河进行交流。这一时期，我国出现了30多座新兴的商业城市，十分之**都分布在大运河沿线。

然而大运河同样也成为这两个王朝要害。明朝末年的农民起义军领袖都深知运河对明朝政权的重要性，所以都十分重视对运河运输的打击，屡屡致使官员告急，明廷震惊。运河不畅加速了明朝的灭亡。

清朝时期，大运河更是成了清廷的死穴。第一次鸦片战争期间，当英军攻陷上海时，清王朝急派人谈判，而英军则认为在沿海地区的胜利，不足以震撼清廷，于是又发动了扬子江战役，果然，当扼守在长江与运河交汇处的镇江一失陷，清王朝便如同被对手点中了命门一般，整个地瘫软下来。英国驻上海领事阿礼国说：“每当早春时节，北京仰赖漕船通过大运河供应当年的食粮，我们开一支小小的舰队到运河口去就可以达到目的了。这种要挟手段比毁灭20个沿海或边疆上的城市还要有效。”